管理工程系源于1984年的系统工程研究室和成立于1985年的管理信息教研室，1997年由两者合并成立管理工程系；目前拥有电子商务本科专业、管理科学与工程一级学科硕士点、工业工程专业学位硕士点、管理科学与工程一级学科博士点及博士后流动站；管理科学与工程学科是黑龙江省重点学科，在全国102所高校中排名第24（2012年教育部学位中心一级学科评估）；电子商务专业是黑龙江省重点本科专业，在全国295所高校中排名第15（2016年中国大学及学科专业评价报告）；主要研究方向：信息技术与信息管理、管理系统工程、灾难与危机管理、船舶工业/工程管理、供应链与物流管理，其中灾难与危机管理、船舶工业/工程管理是学校特色研究方向；主持国家自然科学基金等国家级项目10余项，省部级项目20余项，在国内外重要学术期刊发表论文200多篇，获省部级科研奖励10余项。